מבנה מכונת הזיקוק כולל בעיקר את חלקי המפתח הבאים:
מאייד מולקולרי: זהו חלק הליבה של מכשיר הזיקוק המולקולרי, האחראי על חימום החומר והתאדה אותו . החומר מופץ באופן שווה על משטח החימום דרך מפיץ הנוזל על הרוטור הם סרט נוזל {} מעובה ישירות לנוזל על הקבל, והמולקולות הכבדות נאספות דרך התעלה המעגלית מתחת למשטח החימום .
מערכת DEGASSING: משמשת להסרת גז מהחומר כדי להבטיח את ההתקדמות החלקה של תהליך הזיקוק .
מערכת האכלה: אחראית להוספת חומרים לציוד הזיקוק .
מערכת חימום: מספקת את החום הדרוש כדי לגרום לחומר להגיע לטמפרטורת האידוי .
מערכת ואקום קירור: וודאו כי פעולה תחת סביבת ואקום גבוהה, כך שהנתיב החופשי הממוצע של מולקולות אדים גדול מהמרחק בין משטח האידוי למשטח העיבוי, ובכך מפריד ביעילות את תערובת הנוזל .
מערכת בקרה: משמשת לפיקוח ולשלוט על כל תהליך הזיקוק כדי להבטיח שכל החלקים יעבדו יחד .
הקבל: מעבה את מולקולות האור האידוי לנוזל, אוסף ומפרק אותן .
צינור פריזת: משמש לפריקת מולקולות אור ומולקולות כבדות ולאסוף את המוצרים בנפרד .
