למערכת הזיקוק מגוון רחב של יישומים בתחומים רבים, בעיקר כולל ההיבטים הבאים:
ייצור מוצרים תעשייתיים: בבתי זיקוק ניתן לזקק נפט גולמי כדי להשיג מוצרי נפט שונים כמו בנזין, דיזל וגז נוזלי . בנוסף, טכנולוגיית הזיקוק משמשת גם בתעשייה הכימית, כגון זיקוק גז טבעי כדי להשיג גז נוזלי וזקוק מים כדי להשיג מים בעלי טווח גבוה {}}}
עיבוד מזון: טכנולוגיית הזיקוק נמצאת בשימוש נרחב גם בעיבוד מזון . לדוגמה, בעת חליטת משקאות חריפים, יש להפריד בין אלכוהול, הדורש זיקוק . בנוסף, זיקוק משמש גם כדי לחלץ רכיבי מזון מיוחדים כמו תמצית וניל וחומצה עטריית {}}}
ייצור מוצרים תרופתיים: בתחום התרופות, טכנולוגיית הזיקוק משמשת לייצור אלכוהול רפואי ומוצרים תרופתיים אחרים . לדוגמה, נדרשת זיקוק בעת ייצור תרופות מסוימות {}}
הגנה על הסביבה: ניתן להשתמש בטכנולוגיית זיקוק לטיפול בגז פסולת תעשייתית . לאחר טיפול בטכנולוגיית זיקוק, ניתן להשיג כימיקלים בעלי טוניור גבוה, ובכך להפחית את ההשפעה על הסביבה.
מחקר במעבדה: במעבדה, טכנולוגיית הזיקוק משמשת לטהר תרכובות, מפרידה בין רכיבים בודדים בתערובות וכו '. לדוגמא, קביעת נקודת הרתיחה של חומרים, התאוששות ממיסים, חילוץ טעמים טבעיים ורכיבים נדיפים וכו'.
