החומרים של מכונת הזיקוק הם בעיקר זכוכית ופלדת אל חלד . יש להם יתרונות וחסרונות משלהם והם מתאימים לתרחישים שונים .
חומר זכוכית
Advantages :
קל להתבונן בחומר שקוף בתהליך הזיקוק, המתאים למחקר ניסיוני והפגנת הוראה .
עמידות בפני קורוזיה חזקה, מתאימה לטיפול בחומצות חזקות, אלקליות חזקות וממסים אורגניים .
עלות נמוכה, מתאימה למעבדות והפקה בקנה מידה קטן .
disadvantages :
חוזק מכני נמוך, שברירי, לא מתאים ללחץ גבוה או לסביבת השפעה גבוהה .
התנגדות טמפרטורה גבוהה מוגבלת, שאינה מתאימה לזיקוק בטמפרטורה גבוהה .
תרחישים ניתנים לניתוח:
מחקר מחובר .
הפרדה של קבוצות קטנות של חומרים בעלי ערך מוסף גבוה (כגון שמנים אתרים, מוצרים טבעיים) .
הפגנת ההדגמה והתבוננות ניסיונית .
חומר נירוסטה
Advantages :
חוזק מכני, התנגדות השפעה, מתאימה לסביבה תעשייתית .
טוב התנגדות לטמפרטורה גבוהה, המתאימה לזיקוק בטמפרטורה גבוהה .
לא ניתן לנקות ולתחזק, המתאימים לייצור רציף .
תרחישים חלים:
ייצור תעשייתי בקנה מידה גדול . זיקוק בטמפרטורה גבוהה ולחץ גבוה . סביבות הדורשות חוזק מכני גבוה .

